これは十分にありえる話に思う。
というのもね、アクアリウムでもよくこれで魚とか殺しちゃう人がおるんすよ。

水草だって酸素を吸って二酸化炭素を吐いて生きているんです。ただ彼等は栄養分を作る時に光をエネルギー源として、二酸化炭素を原料としているだけでね。
つまり光を当てている時は酸素を発生させますが、光を当てないと逆に酸素を消費するってこと。
だからCO2(二酸化炭素)添加をしっぱなしで水草もっさり入れている水槽なんかでは、ライトを消している時に酸欠になって魚が死ぬことなんかがあるのよ。まぁアクアリウムを理解しているならやらかさないんどもね。
また大雑把に言うと外来魚で酸欠に弱い種は多いからね、自然下でも低酸素環境であれば外来魚が生息できないという可能性はけっこう高いと思う。

ただこれはあれよ、駆除に結びつくかどうかは難しいんではないかな。というのもこれの実現には地形や水系に左右される上に、周辺の自然環境次第のことですからね。
また見方を変えれば、今の外来生物の繁栄の一因には人間による環境の破壊があるわけでして、それはつまり人間が水辺の環境を変えてしまい在来魚が棲み辛く、外来魚に有利な環境を作ってしまっているということでもあるわけです。
そう考えるとバス駆除の方法だけでなく、自然を取り戻すような施策も大切なのだと思います。